住宅ローン控除や医療費控除、ふるさと納税（寄附金控除）で控除を受けるために確定申告する場合、「(仮想通貨の)利益20万円以下の申告不要」制度を利用することと別物なので、確定申告をする必要があります。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tebiki/2019/kisairei/sp/pdf/04.pdf
株取引・FX等の利益に関わらず、以下の条件に該当する場合は、確定申告を行う必要があります。
不動産所得があった場合
個人事業主（自営業など）の場合
2,000万円を超える給与収入があった場合
各種の所得金額（給与所得、退職所得を除く）の合計額が20万円を超える場合
給与を2か所以上から受けている場合
400万円を超える公的年金を受け取った場合